通过施莱德提供的介绍信，巨子顺利来到了希兹尔国，这是一个赛博朋克式的岛国。如同表面的霓虹繁华与暗处的蝇营狗苟一样，这里的人表面上谦和礼貌与暗地里的丑陋肮脏也是相得益彰。
这个国家的最高统治者名叫猿田千代，实际是兽之巨人的柱力，手下拥有护国七大臣，以七宗罪命名，都是实力强大的变异生物。这个国家在猿田暴力夺取政权后，统治者和拥趸们血腥残暴，荒淫无度，民间怨声载道。
而在猿田夺权之前，希兹尔国一直是由亚兹玛比特家族统治的，如今却早已沦为在野政权，无法撼动猿田的统治。
自古以来就忠诚辅佐亚兹玛比特家族的，名为阿克曼族，经历长期衰落、战斗力一落千丈后，这个家族终于又看到了崛起希望，因为族内出现了百年难得一遇的天之骄女——井鹤·阿克曼。
而巨子被介绍到的家族正是亚兹玛比特家族，因为早些年施莱德研究异兽，恰好与亚兹玛比特的一支赴马莱花园的考察队有过接触。
只不过曾经那支考察队如今在族内地位低微，巨子也遭受到了许多不公正待遇。但族内年轻一代都崇拜的女战神井鹤，却偏偏对巨子关照有加，更引他人嫉恨，这期间发生了一系列族内矛盾，巨子不得已变成失控巨人，束手无策，被大黄咬了后脖颈疼醒。
以及与护国七大臣的走狗发生摩擦，埋下了以后冲突爆发的种子。
很快，马莱帝国每年一度的“进化日”到来了，这是个举世瞩目的日子，通过选拔，能让符合条件的优秀人才进入马莱帝国的荷洛斯军校训练，未来就可以进入三道城墙内生活。
这是马莱墙外花园里生活的底层人民实现阶级跃升的渠道，也是让异国垂涎的培养人才机会。
作为世界上独一档的强国，马莱并不吝啬帮助其他国家培育人才，彰显其世界霸主的胸怀。当然也有其他国家的人借从荷洛斯军校毕业的机会，直接入籍成为光荣的马莱居民。
为此，各个国家也都纷纷派人参加这场盛会，加上早已获得在马莱帝国墙内生活的原住民后辈，最终约有两千人脱颖而出，成为荷洛斯军校第104期学员，分为9个班。
这其中表现突出的包括：巨子，井鹤，同为东区花园出身的小军师波尔格·艾萨克（未来继承超大巨），西区花园马克·罗兰，墙内居民艾拉德·詹姆斯、菲雅·迈尔斯。大夏王朝九公主姜墨（未来继承女巨人。精通武术和机关术，一心想要辅佐异父异母的三皇子姜云龙继承王位，对三哥不伦之恋），中东联邦北部雪原的伊库·弗拉基米尔（未来继承铠巨），西部大漠的哈依莎·穆罕默德（未来继承车巨），南部雨林的杀泽人……
104期炮灰人物：①大龄的阿鲁大叔，你的超能力是什么？嗅觉？为了自己的家人，女儿的画像珍藏。②没有痛觉的死士，房屋中介，爱财如命。③大夏帝国的泰山，当作盾牌保护姜墨而亡，泰山压顶。④全身都是毒素的来西联邦南部的青鳞，为杀泽人而亡。⑤爷辈在墙内生活但一直向往花园的布克，小书，百科全书，对马莱帝国历史有疑问，引起巨子对血统论的怀疑，小书与波尔格关系很好，让人怀疑友情纯洁性，二人属于至交。⑥喜欢通灵御兽的蛇精病，养了许多爬行动物，爱慕青鳞。⑦一直想要依靠身体傍强者的长岛樱，受到七大臣的影响，被火烧死。
众人在马莱军部喜欢毒奶的大校伊泽尔、身高三米半的小胡子壮汉索隆少校、美女教官温莎中尉等一干军方人员的带领下，开启了紧张刺激又残酷血腥的训练兵生涯。
军校训练为期一年，这期间巨子的日常训练就是猎杀异兽，获取彩色爆石增强实力，帮助大黄恢复身体，经历巨木森林的猎兽副本，同时因为获得了进击的巨人传承，他也在暗中搜罗一切有关艾尔迪亚帝国历史的消息。
偶然的机会，巨子在军校博物馆发现了一套锈迹斑斑的装备，没人知道它的具体名字，老馆长告诉他这可能是灾变前的一种能帮人快速赶路的喷气动力装置，但因为危险系数太高而被时代淘汰。
在这个普遍身高都两米多、体重三百斤的时代，这样的装置就更没有实用价值了。
但它却引起了巨子和井鹤的兴趣，因为他俩都是矮个子，身体又轻，很契合。经过充分研究后，他们提出了大胆的设想，并开始着手实验。
最终在脑力超群的波尔格帮助下，经过不断改良，终于制造出了只有巨子和井鹤二人才能驾驭的特殊装备，为它起名——立体机动装置。
同样是军校训练期间，在雷贝利欧市，巨子还从一位老者口中得知了两百年前的一些旧闻，逐渐怀疑起马莱帝国与艾尔迪亚帝国的历史真相，以及人类文明发展畸形的根源，最终它将目标锁定马莱帝国王室。
而且随着一系列险象环生的暗中调查，巨子也明白了自己之所以没有异变，是由于血统的关系，因为他拥有艾尔迪亚血统中最关键的基因片段，那便是巨人基因！这是被爆石辐射也不会变异的关键所在。
他们这些13岁后便作为花肥由园丁献给马莱王室的同胞，其实都是被用来作为巨人部队储备的，那便是无垢巨人，这就是马莱帝国最大的倚仗。
初步解开了血缘之谜后，更增强了巨子有朝一日彻底推翻马莱王室的信念。
但巨子不知道的是，他的血液中还有另一种特殊的构成，这涉及他的身世之谜，才让他能够获得进击的巨人传承。
那就是姜墨所在的大夏王朝，在巨人时代默默无闻，第二次灭世之战后又快速崛起的一头沉睡的巨龙……
军校期间，104期学员在墙外行动时，曾遭受过多次神秘人的袭击，致使学员伤亡惨重。
其中有针对希兹尔国的，井鹤猜测应该是护国七大臣派来的，往年希兹尔国派出的人，仅有很少一部分能活着回到家乡，这就是政治斗争的延伸，让他们这些孩子过早承受。
也有神秘组织“伊甸园”的杀手，这是一个致力于阻碍科技发展，想要全世界回归田园生活，追求自然本源的极端组织。
还有中东联邦的一些组织，许多都是政治斗争引发的斩草除根行动，也有各国派到马莱帝国打探消息的密探。
对此，马莱军方的态度是明确的，那就是非必要不干涉。因为这些学员想快速成长，就必须经历残酷的生死时刻，只有活下来的才是这个世界需要的精英。
一年过后，凭借自身素质和战斗技巧的提升，加上立体机动装置的奇效，巨子和井鹤以综合考评前二的成绩顺利毕业。104期前10名也都获得直通马莱帝国第三道城墙“希娜之墙”的资格，前100名可直通“罗塞之墙”，除个别违反校训或其他考核不合格情况之外，其他学员也都有资格留在玛丽亚之墙，加入军部或者从事其他工作。
就在巨子获得资格，想要出发前往希娜之墙进一步调查王室的秘密时，大黄却突然失踪了。经过探查，他得知大黄被希兹尔国的神秘人掳走。
原来猿田千代的寿命即将到期，恰好大黄又是兽之巨人的绝佳柱力，吃掉后就能增加13年寿命。
巨子与井鹤、波尔格，以及同期几位希兹尔国人，秘密回到希兹尔国，开始在亚兹玛比特家族和阿克曼家族带领下，谋划推翻王政。
经历过一系列明争暗斗，和一场大战，护国七大臣和猿田千代陨灭，大黄继承兽之巨人，亚兹玛比特家族重新夺回王权。
得到希兹尔国海量的高品质爆石赏赐后，巨子带着井鹤与波尔格回到了马莱帝国，因为刚推翻希兹尔国旧王政，几人信心满满，却不料一场内战此时已经被点燃——马莱帝国的西区花园暴动了！
有几位同样在104期表现突出的学员，谋划已久，在毕业后立刻倒戈，放弃了进入墙内生活的机会，组织西区5万余名底层变异人和异兽，奋而对王室发起抗争。
随之，中东联邦的一些小国或组织也开始蓄势以待，隔岸观火，马莱若是不能妥善处理此事，必将对希斯特利亚十三世的威望产生进一步打击。
但这场大战很快就演变成为单方面的屠杀，马莱军方在希斯特利亚十三世的授意下，一口气动用了女巨人、铠之巨人、超大型巨人三大巨人之力，摧枯拉朽剿灭了这支反叛军，也让一些质疑马莱战斗力的国家认清了自己的斤两。
希斯特利亚十三世此举，主要是因为自己寿命将至，因为她的女儿希斯特利亚十四世即将登基，必须提前为马莱帝国立下赫赫威望，以防异族居心叵测。
此时的希斯特利亚十四世，化名赫里斯塔，正在中东联邦各国游历，传言她的性格与样貌是最接近自己老祖宗“女神”希斯特利亚九世的，被马莱帝国寄予厚望。
同样见识到马莱帝国实力的主角三人组放弃了继续深入希娜之墙的念头，决定暂避锋芒。
巨子因为在大黄继承兽之巨人后直接点亮靛色花瓣一事，寻找到了不需要大量积累爆石的升级捷径，那就是让每种颜色对应的巨人柱力与自己血脉相连，便能掌控相应的力量。
于是巨子踏上了寻找七大巨人点亮彩虹花之旅，与化名赫里斯塔的希斯特利亚十四世产生了交集，希斯特利亚也逐渐在游历途中，在巨子主角团的影响下，形成了自己的世界观人生观价值观，最终决定要对抗旧王室，大刀阔斧改革。
巨子在兽之巨人之外后又接连集齐了车力巨人、鄂之巨人，以及虚假的战锤巨人，因为真正的战锤巨人其实在大夏王朝，也就是巨子的祖籍。
战锤巨人便是代表紫色爆石力量，驭器！大夏王朝墨家拥有一份力量，巨子其实就来自于墨家。
最后主角团携一众帮手，对马莱帝国发起了最终宣战！马莱三大巨人战死并有了新的传承。
最终BOSS为皇陵历任希斯特利亚积累的杀戮欲望和所有负面情绪，汇成的超级巨人——暗之始祖巨人！
唯有九世没受到暗之始祖的影响，巨子顺利得到九世曾经执掌的自由权杖，它的本体是进击的巨人缺少的一部分颈椎。进击的巨人形成了完全体，1118年的彩虹降世，依靠战锤之力配合墨家机关术的作用，终于打败暗之始祖。
希斯特利亚因为第一任成为政治的牺牲品，她轮回十四世的不甘，只为再次与艾伦相逢。
巨子、赫里斯塔、井鹤以及其他伙伴，也分别在坐标之地接触到了他们前世艾伦、三笠等人在巨人时代的记忆。
在大夏王朝主导下，以及赫里斯塔重整的马莱帝国协助下，世界和平，科技开始迅速发展，合家欢大结局。
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