故事要从三皇五帝开始讲起。三皇五帝的说法并不唯一，我就用最通行的版本来讲吧。
燧人氏，钻木取火，先民告别茹毛饮血，学会用火熟食、取暖驱兽，开启了文明第一步。
伏羲氏，画八卦、造书契、教百姓结网渔猎、驯养牲畜、制定嫁娶礼仪，奠定人文基础。
神农氏，尝百草分辨五谷草药，教人农耕种植，开创农业。后人更喜欢称他为“炎帝”。
这三位就是三皇，开创了文明。
轩辕氏，联合神农氏击败蚩尤，统一中原各部；造舟车、制衣冠、命史官仓颉造文字、定音律，华夏人文始祖，被称为“黄帝”，炎黄子孙由此而来。
黄帝传位给孙子——颛顼（zhuān xū），整顿人神祭祀秩序，划分疆土，完善部落管理制度。
颛顼传位给侄子——帝喾（kù），仁威兼施，天下安定，顺天时、利民耕，民生富足。
帝喾传位给儿子——帝尧，设立观天象的官，制定历法；首创禅让制，不传位自家儿子，寻访贤能之人治理天下。
帝尧传位给一个“外姓人”——帝舜，以孝闻名，德行传遍天下。
五帝之后，便是我们路人皆知的——禹。我们习惯叫他“大禹”，是因为他与民治水，功劳伟大。
禹登上帝位，将天下划为九州。《禹贡》记载九州为“冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州、雍州”。其他文献所记略有不同，但兖州为九州之一是毫无疑问的。《禹贡》记“济河惟兖州”是说兖州的位置在济水和黄河之间。据说这里正是大禹治水的主要活动区域。
兖州的名字来源于兖（沇）水，兖（沇）水就是济水，发源于今河南省济源县的王屋山中。
在很多古籍中，兖州的“兖”字还有地名之外的含义，那就是端信。《晋书·地理志》引《春秋元命苞》：“兖，端也，信也”。《说文》：“端，直也”；“信，诚也”。这都说明，从远古时候起，兖州人就以端信著称，具有正直、善良、忠诚、朴实、守信用、重然诺的禀性。《晋书·地理志》说兖州人“有周孔遗风”、“好儒学”、“性质直怀义，有古之风烈”，也是这个意思。
大禹治水之后，一部分地区依然水网密布、湖沼众多。人们大多居住在高地土丘之上，避开河水泛滥，慢慢开垦平原土地开展农耕生产。
商朝中期，商王南庚、阳甲、盘庚三代君主把都城定在奄（奄国），奄国疆域覆盖现在的兖州、曲阜一带，相当于这里曾经做过商朝的国都，是商代中期的政治中心，历时数十年。后来盘庚才从奄迁都到殷（今河南安阳）。
盘庚迁殷之后，奄国依旧是商朝在东方最强的方国，臣服商王，替商朝管理山东西部的大片土地，扼守东夷地区。今天兖州区境内已经发现近20处商代遗址（李宫、高吴桥、嵫山遗址等），出土商代陶器、卜骨，印证这里人口稠密、聚落很多，并不是偏僻荒野；传统说奄都在曲阜城东，但曲阜城东并没有大型商代遗存，不少考古学者认为奄国核心区域就在现在的兖州一带。
这里居民是商族人和本地东夷人融合在一起。上古“兖（沇）”字本义就有“端、信”的含义，早在商代，本地百姓就形成了耿直忠厚、重信守诺的民风，和古籍记载的“兖州人性质直怀义”一脉相承，这就是后世“端信兖州”最早的历史根基。
当地人农耕发达，同时手工业成熟，烧制陶器、制作玉器，并且遵从商代祭祀习俗，经常祭祀济水、黄河的河神。商朝王室也会派人来济水举行国家级祭祀活动。
商朝晚期，奄国持续强盛；等到周武王灭掉殷商之后，奄国联合商朝残余势力发动叛乱。后来周公旦亲自东征，打败奄国，把这片土地分封给周公的儿子伯禽，建立鲁国，兖州就此进入一个儒雅的时代。
